Well, looks like... nobody knows. This is what Wikipedia says about its etymology:
"Guinea: of unknown origin; the English form comes via Portuguese Guiné from a (presumed) indigenous African name. Or possibly from the Berber meaning "land of the blacks" ".
On a French site:
http://www.cosmovisions.com/ChronoAfrique05.htm
"Bien que le nom de Guinée ait été imposé à cette région par les Européens, on peut néanmoins le considérer comme d'origine africaine, le mot Guinée étant, selon certains auteurs la transformation des mots Ginyia ou Gineua par lequel les marchands maures, avec lesquels les explorateurs portugais furent en rapports, désignaient les royaumes subsahariens dont la ville de Jenné ou Djenné était alors le centre commercial le plus important. Une autre étymologie, qui n'est pas nécessairement incompatible avec la précédente, fait dériver le nom du Guinée, comme celui de l'ancien Ghâna du mot berbère agane , qui signifierait brousse."
Basically says that the name was imposed by Europeans, but is from African origine.
Two theories:
- it would come from the names "Ginyia" or "Gineua", Arabic name for "Jenné" or "Djenné", commercial centers of black African kingdoms (and Arabs were in touch with Portuguese).
- it would come from the Berbere meaning "bush" (same origin for Ghana).
Hope it helps!